《素问·阴阳应象大论篇》云：“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”“善用针者，从阴引阳，从阳引阴，以右治左，以左治右。”“审其阴阳，以别柔刚，阳病治阴，阴病治阳”；《素问·阴阳别论篇》之“脉有阴阳，知阳者知阴，知阴者知阳”；及宋·朱肱“阳根于阴，阴本于阳，无阴则阳无以生，无阳则阴无以长”；明·张景岳“善补阳者，必阴中求阳”；“善补阴者，必阳中求阴”等论述，表述的是中医临床的辨证施治大法。余临证而倡太极思维方法，并通过中医临床实践，建立了内伤病病机四轮体系——老年、退行性疾病的虚损论，功能失调性疾病的枢机论，器质性病变的气化论，有形痼疾的痰瘀论。
内伤病，是指除外感病邪及外伤、虫兽伤害、毒害等对人体造成的意外伤害以外，它如情欲所伤、饮食失节、起居失常、劳逸失调等，造成脏腑、经络、五体、官窍、神志等功能失常或器质损伤的疾病，均属内伤疾病。其中，大部分属慢性疑难顽疾。疑难顽疾，是指现代医学目前尚未认识其病因病机，且无根本治疗方法；或是对病因病机有一定认识，但临床无理想根治方法的疾病。且此类疾病随着社会的发展，人们生活饮食规律的改变，逐渐呈上升趋势。
《素问·至真要大论篇》称：“审查病机，无失气宜”，“调气之方，必别阴阳”，乃医者“工巧神圣”之为。明·张介宾云：“病机，为入道之门，为跬步之法。”“机者，要也，变也，病变所由出也。”《素问·至真要大论篇》虽有“病机十九条”之详论，然仅为举例而已，不能概括一切病机。盖因《内经》病机十九条，是从“六气”的变化加以分析归纳，由博通地提出了一种随症求因和分析病位、病理的方法。余认为其不能概函内伤性疾病的病因病机，尤其是现代医学目前尚未认识其病因病机，且未良好办法的疑难顽证。《素问·生气通天论篇》云：“阴平阳秘，精神乃治；阴阳离决，精气乃绝。”《素问·阴阳应象大论篇》云：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”故余根据《内经》阴阳的对立制约、互根为用、消长转化等规律，在临证中，注重阴阳调和、阴平阳秘的作用，以景岳之“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷；善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭”之论为纲要，概括为临床疾病辨证论治的精微理论大法，实是相应于阴阳互化互根的太极理论。正是在太极思维方法的指引下，结合中国象数医学基本原理，运用医学系统方法，经大量的临床实践，而概括性的提出了内伤性疾病的病机“四论”体系，从而成为余解释慢性、顽固性疑难病证和各科杂证的病因病机理论体系的纲领。
1、老年、退行性疾病的虚损论
人类的生命活动过程是一种连续发展的不可逆过程，自然界存在春、夏、长夏、秋、冬变化，万物有生、长、壮、老、已的始终，显示了一个由量变到质变的过程，量变的大小决定质变的程度，他们之间的关系与年龄时间成正比，一旦机体组织结构和功能状态出现异常或退化，表现为量变与质变的比例失调而成虚损，是老年退行性疾病的病因、病机所在，亦与太极理论极为相合。
人体健康的标准是“形与神俱”，然却随着人年龄的变迁，则显示出一个由量变到质变的过程。对此，《灵枢·天年篇》有云：“人生十岁，五脏始实，血气已通，气在下，故好走；二十岁，血气始盛，肌肉方长，故好趋；三十岁，五脏大定，肌肉坚固，血脉盛满，故好步；四十岁，五脏六腑十二经脉，皆大盛以平定，腠理始疏，荣花颓落，发颇斑白，平盛不摇，故好坐；五十岁，肝气始衰，肝叶始薄，胆汁始减，目始不明；六十岁，心气始衰，若忧悲，血气懈惰，故好卧；七十岁，脾气虚，皮肤枯；八十岁，肺气衰，魄离，故言善误；九十岁，肾气焦，四脏经络空虚；百岁，五脏皆虚，神气皆去，形骸独居而终矣。”此段文字言简意赅生动形象的说明了生命活动呈抛物线过程，亦即中医学“形神统一的生命观”思想。虽说心主血；肺主气；肝藏血；脾统血，且与胃同为后天之本，气血生化之源，但肾藏精，精为气血生成之本，又为人体生长发育的根本，故有“先天之本”、“水火之宅”之谓。从而形成以肾元为核心的脏腑系统太极模式，及肾与心同气相求；肺与肾之金水相滋；肾与肝之水足肝柔；肾与脾之火旺土健的人体脏腑的系统网。故尔肾元虚衰是“肾气焦，四脏经络空虚”的主要因素。对此，后世医家多有论述。《中藏经》有“肾气绝，则不尽其天命而死也”的记述；清·梁文科《集验良方》有“寿命修短，全系精、气、神之盈亏”的记载；此即明·张介宾“五脏之伤，穷必归肾”之谓也。《素问·上古天真论篇》云：“帝曰：人年老而无子者，材力尽耶？将天数然也？岐伯曰：女子七岁肾气盛，齿更发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子；三七肾气平均，故真牙生而长极；四七筋骨坚，发长极，身体盛壮；五七阳明脉衰，面始焦，发始堕；六七三阳脉衰于上，面皆焦，发始白；七七任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。丈夫八岁肾气实，发长齿更；二八肾气盛，天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子；三八肾气平均，筋骨劲强，故真牙生而长极；四八筋骨隆盛，肌肉满壮；五八肾气衰，发堕齿槁；六八阳气衰竭于上，面焦，发鬓颁白；七八肝气衰，筋不能动，天癸竭，精少，肾藏衰，形体皆极；八八则齿发去。肾者主水，受五藏六府之精而藏之，故五藏盛，乃能写。今五藏皆衰，筋骨解堕，天癸尽矣，故发鬓白，身体重，行步不正，而无子耳。”“材力”，精力也。意谓肾气盛时，精力充沛；肾气衰时，则精力不足。“天数”，即天赋之限数。系指生命的自然发展的规律。“肾气”，是由父母之精气结合而成，具有生长发育的作用。“天癸”，王冰注云：“男女有阴阳之质不同，天癸则指血之形亦异，阴精海满而去血，阳动应和而泄精，故能有子。”张景岳注云：“天癸者，天一之阴气耳，气化为水，因名天癸，其在人身是谓元阴，亦即元气。”故肾气充则有子，人老肾气衰，天癸竭而无子。鉴于此，老年、退行性疾病是以肾中精气、元阴元阳亏虚为根本，渐及心肝脾肺等脏腑，使脏腑功能失常，因而余提出了治疗老年、退行性疾病的目的，关键在于“益元”，填补精髓，补益气血，调补阴阳，从而促进病人机能旺盛，加强或提高机体调控能力，改善全身机能状态而却病延年。从而创立了临床应用广泛且行之有效的“益元”系列方剂：益元方、九子填精方、益元荣髓方、益元愈喘方、益元止嗽方、益元健脾方、益元荣督方、益元荣骨方、益元调冲方、益元濡脉方、益元养神方、荣肝方、益元消渴方、益元通痹方、益元荣胚方等。
2、功能失调性疾病的枢机论
根据系统论观点，人体是由多级阶梯结构的系统所组成的巨系统，内外环境始终是在不断地变化着，机体据此在脏腑经络系统的统一调控下，把有关组织按一定方式组成一个系统，并按一定规律进行应变活动，使机体的生理状态维持在一个适度范围。人体正常生理状态下的功能活动，即气的功能活动，亦即气的运动，它包括了升、降、出、入四种基本运动形式。在人体各脏腑功能正常的情况下，升降出入的气机运动就会正常有序，当全身气机的升降出入有序进行时，各脏腑、组织、器官、体液、神志的功能就会正常。从六经言，少阴、少阳皆为枢机。《素问·阴阳离合论》云：“太阳为开，阳明为合，少阳为枢；太阴为开，厥阴为合，少阴为枢。”太阳主表，是敷布阳气卫于外，故为开；阳明主里。受纳阳气以援内脏，故为合；少阳居于半表半里之间，转枢内外，故为三阳之枢。太阳之开，阳明之合，全赖少阳之枢。故足太阳膀胱得此枢而水道通调，手太阳小肠得此枢而食物变化，能通能变谓之开。足阳明胃得此枢而阳气含纳，手阳明大肠得此枢而阳气收藏，能纳能收谓之合。因太阴施布阴气以灌四周，故为开；厥阴受纳阴气以归于内，故为合；手足少阴为心肾，心藏神，肾藏精，精与神合则交泰，离则两伤，故少阴为性命之枢。太阴脾之运化和升散水谷之精微及肺之宣发卫气、布敷水精、宣降呼吸之气等“开”的功能，厥阴肝藏血淫筋潜阳及心包护心藏神容血等“合”的功能，全赖少阴心肾之枢。故足太阴脾得此枢而运化精微以升于上，手太阴肺得此枢而水精四布以降于下，能升能降谓之开。足厥阴肝得此枢而阴血赖以藏，手厥阴心包络得此枢阴血赖以生，能藏能生谓之合。故开者所以司动静之基，合者所以执禁固之权，枢者所以主转动之微。
阴阳互根，阴阳之根同于肾。肾中元阳，又称命门之火，且为少阳相火之源，故少阳之根出于肾，《灵枢·本输篇》有“少阳属肾”之说。元阳闭藏即是少阴，元阳活动即是少阳。一静一动，一体一用，体之枢在少阴，用之枢在少阳。元阳为全身动力的根源，《难经》称元阳“为五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源”。《慎斋遗书》认为：“枢机有二，一者两肾中间一阳藏处，命门是也”，为“人身之枢也”。
人体开合、升降、出入之枢，不动在少阴，动在少阳，故《内经》云：“凡十一脏取决于胆也”，“胆者，中正之官，决断出焉”，“少阳内联三阴，外出二阳，为入病之门户，出病之道路。”少阳在足为胆，脏腑活动均听从胆的决断；在手为三焦，三焦分属胸腹，是水谷出入的道路，其经脉布膻中，散络于心包，总司人的气化活动，三焦主少阳相火，导引命门原气和胃气分布周身；上焦心肺一气一血，赖宗气之敷布；下焦肝肾一洩一藏，赖元气之蒸腾；中焦脾胃一升一降，赖中气之转输。故《难经》称三焦为“原气之别使，主持诸气”，为“水谷之道路，气之所始终。”《中藏经》称：“三焦者，人之三元之气也，三焦通则内外左右上下皆通也，其于周身灌体，和内调外，营左养右，导上宣下，莫大于此。”因胆司决断，三焦通达，关键是阳动。故《慎斋遗书》云：“少阴肾，天一所生，为三阴初入之处。少阴者，阴之枢也。由少阴而入，则为厥阴；由厥阴而进，则为太阴。太阴，阴之至也。阴极而阳生，阳之初生而始发，则从胆，胆为转阴至阳之地，为少阳，是阳之枢也，由少阳而阳明，由阳明而太阳，太阳为阳之极，而又转入于阴，则少阴少阳，乃阴阳初入之枢，枢者如门户之枢也。阴必从阳，故三阴之出入，亦在少阳，阴之不利，由阳之不利，所以阴以阳为主也。”故尔，当七情六淫或其它病理因素导致气的升降出入运动受阻或影响脏腑、器官气的升降出入时，即产生了功能失调性疾病，但功能性疾病不是一成不变的，日久不愈，亦会导致脏腑组织器官因功能失常而引发气化不利，使精血津液代谢失常，而出现器质性改变。若枢机不利，必导致人体开合、升降、出入之机失司。故清·唐容川有“少阳转枢不利，清气遏而不升，浊气逆而不降”之论。故病在少阳枢机，则多为功能失常性疾病。若失治，由阳入阴，少阴枢机不利，日久即会导致精血津液的气化失司，停聚或代谢失常而形成器质性病变。气的运动称气机，升降出入是气的功能表现，是机体量变运动。气的运动变化功能称气化，是通过气的作用，而使物质不断产生新的代谢，使一物质变成他物质以及随之而来的能量转换过程，是质变运动。气化为气机提供了动力和物质基础，而气机为气化提供了通路和途径，两者缺一不可。
可见“枢机论”与“气化论”不能截然分开，两者互相影响，在病机上，仅以有无阳性体征为分则。在治疗上亦应视病情而论，确定是否加以调气化之剂，以截病经。现代医学中，所谓的人体神经功能异常，或部分内分泌代谢功能失调导致的慢性功能性顽疾，多属于枢机失常致病。临床中，余强调应用柴胡剂加减应用，以调枢机，广验于临床。年有《少阳之宗》一书出版。并创立了加味小柴胡方、理气调枢方等系列方剂，用之临床。尚有为气机郁滞兼证所设之方：气滞兼血瘀证者：郁滞于头部之调枢理窍汤，郁滞于胸部之逍遥活血汤，郁滞于心胸之逍遥丹归饮，郁滞于乳之解郁散结方，郁滞于脘腹之理气九香汤，郁滞于小腹之乌核化瘀汤等；气滞兼痰湿停聚者，治疗气肿之柴胡五苓汤，治疗痰气凝结所致瘰疬痰核瘿瘤囊肿等肿物之柴藻温胆汤等效方用于临床。
3、器质性病变的气化论
《素问·六微旨大论篇》云：“物之生从于化，物之极由乎变，变化之相传，成败之所由也。”说明气化功能对人体生理及生命活动的重要性。气的运动变化，称气化。自然界是一个运动不息的世界，广义的气化，指自然界所有事物的运动和变化。人体就是一个小宇宙，人体一切生理病理活动就是狭义的气化，也就是人体气化，包括生长壮老已全过程。《素问·六微旨大论篇》云：“出入废，则神机化灭；升降息，则气立孤危。故非出入，则无以生、长、壮、老、已，非升降，则无以生、长、化、收、藏。”说明了有生命活动就有气化运动，气化停止了，生命也就消亡了。人体气化，包罗了人体所有的物质和生命活动的全过程。最重要的气化过程有：生长发育全过程、水液吸收和代谢全过程、食物的消化、吸收及代谢全过程、呼吸之气代谢过程、血液生成循环过程、精髓生化过程、神志活动过程等，尚有诸如毛发皮肤代谢等等，还有形形色色的病理过程，如：发热、疼痛、谵语、郑声、发痉等所有具有活体标志的病理征象，均属气化反应。均属于人体的气化功能表现。现仅以水液吸收代谢过程为例，对人体气化做一说明。
《素问·上古天真论》云：“肾者主水，受五藏六府之精而藏之。”《素问·逆调论》云：“肾者水藏，主津液。”说明了肾中精气的气化功能，对于体内津液的输布和排泄、维持体内津液代谢起着重要的调节作用。《素问·经脉别论》云：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。合于四时，五脏阴阳，揆度以为常也。”此段经文说明了在正常的生理情况下，津液的气化，是通过胃的摄入，脾的运化和转输，肺的宣散和肃降，肾的蒸腾气化，以三焦为通道，输布至全身；经过气化后的津液，则化为汗液、尿液和浊气排出体外。而肾中精气的蒸腾气化。实际上是主宰着整个津液气化的全过程。因肺、脾等内脏对津液的气化功能，均赖于肾中元阳的蒸腾气化功能。水分清浊，清者上升，浊者下降。清中有浊，浊中有清。说明了水液气化是一个复杂的生理过程。涉及多个脏腑的一系列生理功能。反映了水液气化全过程中，构成了一个气化功能系统，人体寓有一个有条不紊的水液气化构造。脾“为胃行其津液”。表述的是脾胃通过经脉一方面将津液“以灌四旁”和全身；另一方面将津液上输于肺，此即脾的散精功能。同时，小肠的泌别清浊的功能，与尿液的量有极为密切的关系。《素问·灵兰秘典论》云：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”盖因小肠居胃之下，受盛胃中水谷而分清浊，水液由此而渗入前，糟粕由此而归于后，脾气化而上升，小肠化而下降，故曰“化物出焉”。由此可见，小肠的泌别清浊的功能是脾胃升降功能的具体表现。故此，饮入于胃，在中焦脾胃及小肠的作用下，将水中之清上输上焦达肺，水中之浊通过下焦而达肾。此即“中焦如沤”、“中焦主化”之意。清中有清，清中有浊。肺主宣发和肃降，具有调节腠理、司开合之功。在肺主气、司宣发的作用下，将清中之清（水中精微物质）外达肌表，“熏肤、充身、泽毛，若雾露之溉”，即“上焦如雾”、“上焦主纳”之意。而残废的水液或为浊气呼出体外，或化为汗液通过“玄府”排出体外。而清中之浊者，又在肺主肃降，通过三焦的通道而达肾，故又有“肺为水之上源”之说。浊中有清，浊中有浊。通过三焦通道归肾之水，在肾阳的蒸腾气化作用下，将浊中之清通过三焦的通路，重新上输于肺，而浊中之浊，在肾的气化作用下，下输膀胱。《素问·灵兰秘典论》云：“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出焉。”说明了膀胱的贮尿和排尿功能又全赖肾的气化功能，所谓膀胱的气化，实际上是隶属于肾的蒸腾气化。下焦残废的水液排出体外亦全赖于此，此即“下焦如渎”、“下焦主出”之意。《素问·灵兰秘典论》云：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”决，疏通之意；渎，即沟渠之形，决渎即通调水道。鉴于三焦在经络属少阳，内联三阴，外联二阳，具有沟通水道，运行水液的作用，是水液升降出入的径路。且全身水液是由肺、脾胃和肠，肾和膀胱等许多脏腑的协调作用下完成的。其特点必须以三焦为通道，才能正常的升降出入。《灵枢·营卫生气》篇的“上焦如雾”、“中焦如沤”、“下焦如渎”则概括了三焦是“脏腑之外，躯体之内，包罗诸脏，一腔之大府也”。故三焦气化功能在水液气化过程中起重要的协调作用。
鉴于“肾主水液”主要是指肾中精气的蒸腾气化功能。它主宰着整个水液运行的气化活动。而三焦又主持诸气，总司全身的气机和气化,即三焦是气化的场所,又是气升降出入的通道。元气是人体的最根本之气，又根于肾。通过三焦而充沛于全身，故《难经·三十一难》有“三焦者，气之所终也”。《难经·三十八难》有“原气之别焉。主持诸气”。《难经·六十六难》有“三焦者，原气之别使也。主通行三气（宗气、营气、卫气）经历五脏六腑”之说。故而，整个水液气化过程，是以“肾主水液”为核心，以三焦气化为内容构成一个太极的开合、升降、出入系统。如果气化运动停止，那么生化之机就会息灭。诸如生长壮老已全过程、食物的消化、吸收及代谢全过程、呼吸之气代谢过程、血液生成循环过程、精髓生化过程、神志活动过程等所有气化过程,均以肾中精气的气化作用为原动力，以五脏六腑气化活动为基础，以三焦为场所和通路，生生不息，环环相扣的不停地进行着，维持着生命的运行。如果某一环节出现障碍，就会引起生命活动的异常，久而久之将危机生命。所谓器质性病变，是指体表能够看到、触到人体组织器官明显异常，或运用西医辨病方法，经检查和各种辅助检查，可检出异常变化的疾病。此类疾病多在人体“退行性”和“枢机不利”的基础上，由于功能失常，气化失司，病理产物储积而导致的人体实质性病理损害。如：气化功能失常既能影响气、血、津、液的新陈代谢，又能影响到饮食物的消化吸收，影响到汗液、尿液和粪便的排泄而形成各种代谢异常，造成心、肝、脾、肺、肾等器官的本质性损害，从而导致现代医学之高血酯、高血粘、高血压、高尿酸、高血糖等疾病，继而引起血栓形成及出血性心脑血管病；再如：肾炎、结石、肝炎、肝硬化、胃炎等等一切有形有征的、或借助现代检查手段而有病理变化的疾病均属器质性疾病。
余每以补泻相寓、升降相宜调节气化。举凡桂枝汤化裁治疗诸多气化不及病证，宗《素问·至真要大论篇》“五味阴阳之用”，及《素问·藏气法时篇》五味应用之要，可知方中桂枝味辛发散，白芍味酸收敛，二者相反相成，共为主药。且桂枝味辛，与甘草乃辛甘化阳之伍；芍药味酸，与甘草乃酸甘化阴之伍；生姜、大枣二药，具酸、甘、辛之味，有和营卫之功。故诸药同用，以通阳化气之功而广验于临床。如用“苓桂术甘汤”治疗现代医学之心包积液；用“桂枝加龙牡汤”治疗心率失常，亦以通阳化气之功而取效；又如应用“医话阳和饮”或“金匮肾气丸”调治支气管炎、肺气肿等咳喘疾患，方中温阳宣发之品与生津滋阴之品相伍，既可温阳化气，又可防止伤阴太过；它如“浅谈水液代谢的系统观及临床思维方法”、“桂枝茯苓丸治疗石淋及肾积水证”、“柴苓汤在肾病中的应用”等文，均阐明桂枝之“通阳化气”、苓术等淡味药“涌泄为阳”之义。并创立了通阳化气之化气通脉方，温阳化气之附子五苓方、银杏五苓方、阳和解凝方等，广用于临床。
4、有形痼疾的痰瘀论
有形痼疾多指在体表能够看到、触到或通过现代仪器（如X线、B超、CT、MRI等）能够检查到的有形疾病。如现代医学之各种肿瘤、卵巢囊肿、前列腺肥大、脑动脉硬化、脑血栓、脑溢血、心肌梗塞、肺结核、淋巴结肿大类疾病，乳腺增生、妇科炎块、硬皮病、脑外伤后遗症等病，既有因“痰”而致者，又有因“瘀”而致者，临床中把握病机及痰、瘀的侧重，对证治疗尚可获效。余认为，因痰致病者多由枢机失调、气化不利而痰浊停滞演化而来，对此，清·汪必昌《医阶辨证》有“痰，精液所生也；饮，水饮所化也。留之为病多端，凡病不可名目者，痰饮病也”的论述。同时，又可因“痰”的形成导致功能失调、退行性病变的开始。因瘀致病者多由阴阳虚衰、气机郁滞、血寒、血热等引起，常以虚损为主要临床表现和病理基础，故又可造成某些退行性疾病。同时临床中又有痰瘀互结而为病，明·朱震亨《丹溪心法·痰》云：“痰挟瘀血，遂成窠囊。”反映出病因病机的丝丝相扣的太极模式。如《金匮要略》中的“鳖甲煎丸”，具扶正祛邪、软坚消痰、理气活血之效，其应用极为广泛。尝用于多种原因引起的肝脾肿大、子宫肌瘤、卵巢囊肿及腹腔其它肿瘤。其作用机理正如《金匮要略论注》所云：“药用鳖甲煎者，鳖甲入肝，除邪养正，合煅灶灰所浸酒去瘕故以为君；小柴胡汤、桂枝汤、大承气汤为三阳主药，故以为臣；但甘草嫌其柔缓而减药力，枳实破气而直下，故去之；外加干姜、阿胶，助人参、白芍养正为佐；瘕必假血依痰，故以四虫、桃仁合半夏消血化痰；凡积必由气结，气利而积消，故以乌扇、葶苈子利肺气；合石苇、瞿麦消气热而化气散结；血因邪聚而热，故以牡丹、紫葳而去其血中伏火，膈中实热为使。”
余临证喜用桂枝茯苓丸，方中桂、芍一阳一阴，茯苓、丹皮一气一血，桂枝温阳化气，苓丹祛湿清热，共调其寒温，扶其正气；桃仁破血以去病所，芍药统血养正，虽药少方简而实蕴太极大道！再如血府逐瘀汤，方由活血化瘀之桃红四物汤、调枢达郁之四逆散合桔梗、牛膝而成，此乃气血并治、升降相因之法。方中桃红芎芍活血，当归、生地养血，故血去而不伤血；柴胡、枳壳疏肝理气，气行则血行；牛膝引血下行，桔梗引药上楫，诸药因太极模式而抒于一机，俨然一体，故余对妇科、肺系、心系及肾系疾病，凡因气化失司、痰瘀结滞之证，多选用此二方加减用之。临证并创立了天竺方、慈莲方、活瘀通脉方、益元阳和汤、加味鳖甲煎、牛黄定瘛散、十味定痫散、加味封囟散等，广施于临床。如哮喘一证，古今医籍论证颇多，处方甚广，治法各异，验诸临床，属肾阳虚弱，肾精不足，痰涎壅滞者，必籍以真火以煦和，真水以濡养。同时佐以化痰逐饮，平喘止咳之品。前人有“久病及肾”、“标在肺、本在肾”之说，虽云“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”，然肾司蒸化开阖，固藏摄纳，实属于首位，加味阳和饮用于上证者，每收卓功。药由熟地、炙麻黄、制附子、怀山药、山萸肉、白芥子、人参、鹿茸、肉桂、赤茯苓、菟丝子、胡桃肉组成。肾居于下而属水，主藏精，又主纳气，肺为司气之官，肾为生气之源，故气出于肺而本于肾，若肾水不足，则虚火上扰，气逆则上冲于肺而作喘，肾中真阳不足，则真火不能生土，土衰则无以生金，故肺脾肾三脏俱有连带作用。但仍寓有肾元为核心的太极辨证思维。阳和饮由阳和汤、右归饮加减组成，方中熟地益肾添精，大补阴血，俾化气有源，摄纳有机，任为主药。“诸角皆凉，惟鹿独温”，鹿茸“禀纯阳之质，含生发之机”，乃血肉有情之品，生精补髓，养血助阳，有阴阳双补之能；附子峻补下焦元阳，具助阳化气之功；肉桂补火助阳，备引火归元之效。三药为辅则补肾益元之功倍。菟丝子禀气中和，平补足之三阴，山萸肉涩温质润，补益肝肾；核桃肉甘润温涩，补益肺肾，三药既可补阳又可滋阴，为阴阳双补，阴中求阳之品。人参补益脾肺，茯苓健脾和中，以杜生痰之源；麻黄宣肺平喘，白芥子豁痰化饮，则标症可疗，共为佐使药。于是，主、辅、佐、使朗然，俾饮中之阳得温，散失之真阳得收，肾充，肺肃，脾健，痰除，则哮喘可痊。尚有益元平喘方、益元定喘方等行之有效的方剂用于临床。
如脑性瘫痪，包括先天性脑发育异常，出血性、瘀血性、外伤性脑病等，即人体的“形”与“神”俱损。其中包括脑组织程度不同损伤而致之瘫痪、痴呆、失语、失明等顽症、重症。对此诸症，西医药爱莫能助。脑为髓之海，诸髓者，皆属于脑，头者精明之府，且五脏六腑之精皆上注于目而为之精。说明脑实体“形”的损伤，必将导致人体“神”的异常。即精神意识、思维、语言、视力等“精”、“明”活动的异常。提示我们，要想恢复这些活动，必须填精以生髓，髓生而脑神得以充濡，而方能恢复其功能。而肾为“精之处”，肾藏一身之元气。又外伤头部，必将导致出血，离经之血一旦不得消散，必成瘀血，日久痰瘀交阻而病成难症、顽症，故拟“益元活血汤”以益元补虚、祛瘀散结。方由鹿角胶、肉桂、土元、胆星、桃仁、红花、川芎、当归、熟地、赤芍、柴胡、桔梗、牛膝、枳壳组成。“益元”则精气填，髓海充，神气得复。咸甘而温之鹿角乃督脉化生，熬胶乃寓阳于阴之中，以和阳补阴，故以大补肾元之鹿角胶一味当之；并辅以肉桂，温肾元而培补命门真阳。“活血”则瘀血得散，窍得以清，元神得足，故选血府逐瘀汤（桃仁、红花、川芎、当归、熟地、赤芍、柴胡、桔梗、牛膝、枳壳）加土元助之，使瘀血得以消散。加胆星化痰开窍，以解痰蔽之弊。诸药合用，具有“益元荣神，活血逐瘀，豁痰开窍”之效。“头者清阳之府”，合以头针既可促使瘀散脉通，又可畅行清阳之气，使浊阴得降，清阳得升，针药合用，既可调元固本，又可祛痰除标，标本兼顾，以期获良效。
四论并非各树一帜而割整成零，之间常可互相影响，互为因果。枢机不利，不仅脏腑功能失常，日久还可导致气化异常，脏腑器官出现器质性改变；气化失司，功能和物质的转换和再生不利，日久会出现精气血津的亏虚而导致虚损；因气机不利，气滞血瘀，津停湿聚，气化失司，津血痰湿留聚，日久痰瘀结聚均可内成痼疾；气化失司则气机不利，五脏虚损则气机不畅，气化无力，痰瘀阻滞，则气机气化受阻，其中蕴含着丝丝相扣，环环相接，相互消长转化的太极思维模式。然病机四论仅为临床诊病提供思辨纲领，不可拘泥。
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